En realidad, creo que el Maxtor SCSI que compré -nunca me arrepentiré más de una compra así- va mal, mal de verdad… desde que lo compré suena como un tren antiguo en una vía vieja xDD.
Así que imagino que un proceso de indexación, sobre un disco duro -por muy SCSI que sea- con cerca de 200 Gigas de capacidad de los cuales 120 aprox. son datos… con dos particiones en dos sistemas de ficheros distintos (ext3 y ntfs), pues es mucha tela para el pobrecillo scrollkeeper este.

Esto unido a que, tengo entendido eh? sólo soy yo ^^!, -y es algo que no paran de intentar mejorar, ahora todos los discos son SCSI virtuales- que los SCSI no han ido nunca muy finos en Ubuntu y que el susodicho servicio (o proceso) no va muy bien. Pues ya lo tienes:
Un ruido de esos que te asustan… y mucho, un ruido fino que da la impresión típica de un voltaje e intensidad alto en un componente electrónico, ese “swip!” que dices: “Ay Dios, el micro” y la CPU a to cebolla.

Solución:

Luego la pongo por aquí, pero no es recomendable eliminar el servicio directamente, es mejor crear un enlace falso para /usr/bin/scrollkeeper-update y sustituirlo por… joder!, no me acuerdo :( rarian.

Aquí tenéis el enlace al hilo del bug en launchpad

Sin haber probado realmente las actualizaciones, auunque las primeras recién arreglado el problema me fueron bien, esto fue lo que hice:

Eo!, a ver si la vamos a liar eh??, gg :D , que soy un puto novato -eso que llevo más de dos años con Linux :P – y no me responsabilizo de nada, ante todo, consulta el hilo de launchpad y los parches oficiales de Ubuntu.
Más ojo, en otro blog leí que se soluciona resintalándolo pero a mí no me ha funcionado, además es una solución para la beta de Hardy, o release no recuerdo, el caso es que supongo que en la estable ofrecen el proceso mejorado ya así que eso no resuelve nada.

1. Abrir permanentemente el visor de procesos que consumen recursos como root!:

   sudo top

   para poder matarlo (sudo killall scrollkeeper-update) cuando sea que empezará a cepillarse la cpu. Ojo, no matarlo si estás actualizando, mejor arreglarlo todo y luego actualizar porque se te pueden quedar actualizaciones colgadas y luego es un coñazo -más que anda- repararlo: sudo dpkg --configure -a, sudo aptitude clean, etc…

2. Yelp usa scrollkeeper, en el hilo alguien lo desinstala pero yo, en mi experiencia, no lo recomiendo mientras no saquen un fix oficial, como luego usaremos rarian y además scrollkeeper se mantiene aunque sin efecto no hay problema.
   De todas formas no sé muy bien qué hace yelp, pero en temas de ayuda de escritorio por ejemplo o ayuda local meramente documental gráfica -siempre que no sea el manual de linux, claro- yo paso bastante, así que…
3. Crear un enlace falso a scrollkeeper:

   1	ln -s /usr/bin/scrollkeeper-update /usr/bin/true

   o lo que quieras.
   También puedes renombrarlo yllevártelo de allí

   1	sudo mv /usr/bin/scrollkeeper-update scrollkeeper-update.nada

4. Ahora puedes actualizar sin problema con scrollkeeper (pues no hará nada) pero es mejor usar otro servicio de indexación: Rarian.

   1	sudo aptitude install rarian

   Aquí tenéis las dependencias de rarian, pero tranquilos que se instalan solas.
   Atención: La instalación de rarian eliminará por fin scrollkeeper, yo al menos no he tenido ningún problema con esto.

5. Y ya si quieres, reconfigura el servicio de paquetes y atualiza:

   1	sudo dpkg --configure -a; apt-get update

   Yo, antes de eso, también limpiaría la cache de paquetes que me ha dado antes algunos problemas por los cuelgues de scrollkeeper:

   1	sudo apt-get clean

De todas formas hay muchos hilos información sobre el bug de scrollkeeper en launchpad.

En cualquier caso, toco madera pero por ahora Hardy sí es lo que esperaba: Cojonudo :D

PD: Todo el cambio a Guadalinex, 3 instalaciones con su correspondiente formateo de discos porque eso sí, sabía que el problema eran los discos, por una tontería como:
Usar $top en lugar de $sudo top.
Novato, novato a rabiar… no veía el proceso real que se merendeba mi CPU, sniffff :(